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Le radici del sistema di produzione dell’agricoltura biologica si fondano già agli inizi del secolo scorso, poggiando le sue basi su principi filosofici e culturali prima ancora che tecnico-scientifici. Il recupero di un rapporto di equilibrio tra l’uomo e la natura fu alla base delle elaborazioni dei padri dell’agricoltura biodinamica e biologica.

Tre differenti correnti di pensiero sono la base del successivo sviluppo:
- l’agricoltura biodinamica, nata su ispirazione del tedesco Rudolf Steiner, teorizza un modello di agricoltura nella quale l’azienda era intesa come un organismo vivente autosufficiente;
- la “organic farming”, l’agricoltura fondata su metodi organici, teorizzata in Inghilterra da Sir Howard a seguito delle osservazioni sui metodi agricoli dell’agricoltura indiana e cinese che da secoli consentiva di mantenere un perfetto equilibrio fra il bisogno di concime delle colture e i naturali processi di recupero delle fertilità;
- l’agricoltura biologica sviluppata in svizzera da Rusch e Müller, che insieme definiscono un metodo di agricoltura biologica come una tecnica di coltivazione che presuppone l'utilizzazione ottimale delle risorse rinnovabili.

I suddetti movimenti considerarono indispensabile il rapporto tra agricoltura e ambiente, nonchè il rispetto degli equilibri naturali, abbandonando le strategie tendenti alla massimizzazione delle rese e della produzione.
Nonostante queste forti basi concettuali alle quali avevano già aderito diversi produttori in varie regioni d’Europa, l’agricoltura biologica rimase un sistema di produzione di nicchia.
La situazione non poté che peggiorare durante e dopo le due guerre mondiali, quando il problema fondamentale dell’Europa era raggiungere l’autosufficienza e il soddisfacimento del fabbisogno immediato attraverso la massimizzazione delle rese produttive.
Alla fine degli anni Sessanta e durante tutti gli anni Settanta, la sensibilità comune e le esigenze mutano: una maggiore attenzione rivolta alla tutela dell’ambiente fanno riscoprire l’agricoltura biologica come soluzione possibile. Ecco quindi che sorgono associazioni di consumatori e produttori che valorizzando le tematiche ecologiche, producono disciplinari e norme da rispettare nelle produzioni biologiche. Le più grandi organizzazioni di tutto il mondo, poi, uniscono le forze fondando l'IFOAM (International Federation of Organic Agriculture Movements: nata nel 1972 per iniziativa di organizzazioni che a livello mondiale operano nell’ambito delle certificazioni, produzione, ricerca, formazione e promozione dell’agricoltura biologica, è a tutt'oggi punto di riferimento internazionale per l'agricoltura biologica.